PyMOL - Download

良いもの

やあ、カートゥーンモードはワイルドだ。 PDB ファイル、たとえばコロナウイルスのスパイクタンパク質を読み込むと、突然、それらの乱雑な鎖が滑らかならせんとシートに変わります。それは、タンパク質が折りたたまれるのをリアルタイムで見ているようなものです。そして透明性のトリックは？タンパク質の表面を半透明にレンダリングすると、結合ポケット内に押し込まれた薬物分子を実際に見ることができます。それはプレゼンテーションや論文にとっては金です。私はこれを使って、突然変異が重要な相互作用をどのように混乱させるかを教授に示しました。彼女は、これが学期を通して見た中で最も鮮明な視覚化だと言いました。また、Python でスクリプトを作成できる機能も隠れた魅力です。電荷によって残基を自動着色する簡単なスクリプトを書きました。これで完了です。 20 分間はメニューをクリックする必要はありません。

あまり良くないこと

はい、無料です。これは素晴らしいことですが、インターフェイスはあまり古くなっていません。 2008 年のような感じです。メニューがたくさんあり、コマンドがわかりにくく、ツールチップがありません。分子モデリングにまだ慣れていない場合、最初の 1 時間はまったくの挫折です。ドキュメントもまばらです。また、大量のファイル タイプを処理しますが、システムが十分でない場合、一部のボリューム マップを開くとクラッシュする可能性があります。また、組み込みのチュートリアルもありません。基本的に深いところに放り込まれます。したがって、簡単な 3D モデル ビューアを探しているだけであれば、これは向いていないかもしれません。便利さではなく正確さを求める人向けです。

結論

生化学や構造生物学を専攻している場合、または単に授業でタンパク質の構造を理解しようとしている場合でも、PyMOL - Mac 用ダウンロードは、セットアップを一秒ごとに行う価値があります。きれいではありませんし、簡単ではありませんが、正確です。しかも無料です。したがって、基本的な下調べをしていない場合は、クリックベイト アプリをスキップして、このアプリに直接進んでください。それは本物です。